האיגוד הישראלי למוזיקולוגיה הוקם בשנת 1967 כדי לקדם את לימודי המוזיקה בישראל ולתרום לתרבות המוזיקלית בארץ.  

האיגוד כולל בתוכו נציגים מכל בתי הספר למוזיקה, המכללות להכשרת מורים, מכוני מחקר  ואוספי מוזיקה, מחלקאות אוניברסיטאיות למוזיקולוגיה, וכמו כן גם מלומדים וחוקרים עצמאיים.

האיגוד מקיים כנס ארצי מדי שנה, אשר בו מוצגים מחקרים חדשים של מוזיקולוגים מהארץ ומהעולם. האיגוד מפרסם את הכתב-העת "מנעד": כתב עת מקוון למחקרי מוזיקה בישראל. האיגוד הינו ארגון מתנדבים, אשר פעילותו נשענת באופן בלעדי על דמי חבר וכן גם תרומות ממוסדות ויחידים.